Водолазные работы спасателями ЮРПСО МЧС России начали проводиться еще в 1994 году непосредственно с поступлением водолазного снаряжения.
А в 2004 году в составе ЮРПСО МЧС появляется поисково-спасательная служба на акватории, в которую входят 6 спасательных станций, расположенных на Черноморском побережье от границы РФ до Туапсинского района.
На данный момент спасательные подразделения на акватории являются неотъемлемой частью ЮРПСО МЧС и позволяют оперативно и эффективно реагировать на чрезвычайные ситуации, которые происходят в акватории или в открытом море.
В 2008 году в ЮРПСО МЧС России был передан барокомплекс. Стационарная его часть позволяет осуществлять тренировочные погружения на глубину до 60 метров, помогает в излечении профессиональных заболеваний водолазов. Транспортабельная барокамера позволяет обеспечивать безопасность водолазных работ непосредственно на месте их проведения.
В 2009 году ранее существовавший отдел обеспечения водолазных работ переименован в отдел обеспечения безопасности водолазных работ, задачи которого: медицинский контроль состояния здоровья водолазов, санитарная обработка снаряжения, закачка воздуха в баллоны.
Также с 2009 года в состав ЮРПСО МЧС входит группа плавсостава катера типа «Мангуст», который носит имя героя России Валерия Замараева. Катер развивает скорость до 45 узлов (80 км/ч) и способен выходить в море даже в 4-х балльный шторм. При необходимости на борту «Замараева» может работать оперативный штаб, который осуществляет координацию действий различных служб и подразделений.
С 2006 года специалистами водолазной службой ЮРПСО МЧС России было проведено более 500 работ. Самые масштабные: ликвидация последствий наводнений в Хосте и на Пластунке в 1999 г., в Кудепсте в 2005 г. Извлечение останков корабля и военных пушек в акватории Сочи в 1997 году.
В 2007 – ликвидация последствий разлива топлива в Керченском проливе и поиск пропавших членов экипажа танкера. Специалисты ЮРПСО МЧС России участвовали в откачке мазута и исследовании затонувших судов.
Также в 2007 – в акватории Сочи произошло возгорание на турецком пароме «Boztepe». Специалисты водолазной службы ЮРПСО МЧС России эвакуировали членов экипажа из воды и с самого парома.
В 2010 году специалисты Южного РПСО участвовали в спасательной операции в Ростовской области в г.Миллерово – поиск пропавших детей. Водолазы обследовали около 200 метров дна реки, которая была покрыта льдом.
В начале 2011 года у берегов г.Сочи потерпел крушение сухогруз Бешикташ.
Спасатели ЮРПСО МЧС при помощи альпинистского снаряжения навели навесную переправу с берега на кормовую часть судна и эвакуировали членов команды сухогруза на берег.
В 2012 году Спасатели Южного РПСО МЧС России заняли первое место во всероссийском зачете, первое место на дистанции «ПСР на акватории» получили приз имени Дениса Курсакова и в итоге стали лучшими в абсолютном первенстве открытых международных соревнований водолазов 2012 г.